Utilize o OSGEO Shell, a instalação pode ser feita utilizado o instalador do QGIS.
Após o recorte, ou edição, deve-se refazer a compressão e o overviews, PRIMEIRO A COMPRESSÃO e SEGUNDO a OVERVIEWS nessa sequência
gdalinfo "nomedoarquivo.tif"
gdal_translate -co COMPRESS=LZW -co BIGTIFF=yes output.tif output_lzw.tif
gdal_translate -of COG -co COMPRESS=LZW -co BIGTIFF=yes output.tif output_lzw_COG.tif
gdal_translate -of GTiff -co COMPRESS=LZW -co BIGTIFF=yes output.tif output_lzw_COG.tif
.ovr interno
gdaladdo -r average output_lzw.tif 2 4 8 16 32 64 128 256 512
.ovr externo
gdaladdo -ro -r average output_lzw.tif 2 4 8 16 32 64 128 256 512
gdalwarp -dstalpha -srcnodata "255 255 255" "input.tif" output.tif