Para quem tiver este problema, a solução é vá a aba “referências” e em “inserir legenda”. Clique em “Novo Rótulo” e coloque o mesmo nome do rótulo que sumiu. No meu caso sumiu o rótulo “Figura”, portanto escrevi Figura no campo disponível em “Novo rótulo”. Depois, fui em “numeração” e marquei a opção “incluir número do capítulo”, assim as figuras retornaram ao número capítulos.

Depois, basta ir na aba “referências” depois “referências cruzadas e verificar se seu rótulo retornou.

OBS IMPORTANTE: O rótulo tem que ser o mesmo nome das figuras que você havia inserido acima de cada figura. Para saber isso selecione toda a legenda acima da figura e clique com o botão direito depois clique em “alterar códigos do campo” assim o número da sua figura vai virar algo como isso “SEQ Figura \* ARABIC \s 1”. Perceba que o nome do rótulo é Figura com f maiúsculo, este é o nome que deve ser inserido na explicação acima.

OBS IMPORTANTE 2: Para retornar o “SEQ Figura \* ARABIC \s 1” para número da figura bata selecionar novamente e clicar com botão direito e novamente clicar em “alterar códigos do campo”.